Son órganos rectores de la Cofradía: la Junta General, el Cabildo y el Patrón Mayor.
La Junta General es el órgano superior de gobierno y decisión de la Cofradía, en la que están representados todos los profesionales del sector afiliados. Actúa como órgano de control y fiscalización de los restantes órganos rectores de la Cofradía.
El Cabildo es el órgano de gobierno, gestión y administración de la Cofradía. Está formado por el Patrón Mayor, el Secretario y los vocales, de los cuales dos serán obligatoriamente los vicepatrones 1º y 2º.
El Patrón Mayor es el representante de la Cofradía. Preside la Junta General y el Cabildo. Será elegido por la Junta General de entre sus miembros.
Las elecciones para la constitución o renovación de los órganos de la Cofradía de Pescadores "Virxe do Rosario" de Vilaxoan se realizan cada cuatro años y se rigen por lo establecido en el DECRETO 8/2014, de 16 de enero, por el que se regulan las cofradías de pescadores de Galicia y sus federaciones, así como por los Estatutos de la propia Cofradía.
En las últimas elecciones resultó elegida la siguiente directiva:
- Patrón mayor: José Antonio Currás Costas.
- Vicepatrona Mayor 1º: María Dolores Álvarez Cancelas.
- Vicepatron Mayor 2º: Mario Pérez López.
- Secretario: José Luis Sequeiros Rodríguez.
- Vocales:
- José Luis Rodríguez Paz
- Rodrigo Maya Rios
- Manuel González Bragado
- María Clara Rios Costa
- María Cristina Currás Costas
- Amalia Currás Costas
- José Pena Lemat
- Juan Luis Piñeiro Pérez
- Manuel Currás Costas
- Óscar González Veiga
- Jesús Santiago Santomé Sequeiros
- María Emilia Iglesias Fervenza
- María del Carmen Mateos Rodríguez
- María Soledad Pérez Otero