Son órganos rectores de la Cofradía: la Junta General, el Cabildo y el Patrón Mayor.

La Junta General es el órgano superior de gobierno y decisión de la Cofradía, en la que están representados todos los profesionales del sector afiliados. Actúa como órgano de control y fiscalización de los restantes órganos rectores de la Cofradía.

El Cabildo es el órgano de gobierno, gestión y administración de la Cofradía. Está formado por el Patrón Mayor, el Secretario y los vocales, de los cuales dos serán obligatoriamente los vicepatrones 1º y 2º.

El Patrón Mayor es el representante de la Cofradía. Preside la Junta General y el Cabildo. Será elegido por la Junta General de entre sus miembros.

Las elecciones para la constitución o renovación de los órganos de la Cofradía de Pescadores La Anunciada de Baiona se realizan cada cuatro años y se rigen por lo establecido en el DECRETO 8/2014, de 16 de enero, por el que se regulan las cofradías de pescadores de Galicia y sus federaciones, así como por los Estatutos de la propia Cofradía.

Las últimas elecciones se realizaron en 2022, resultando elegida la siguiente directiva:

• Patrón Mayor: Roberto Cabral Barra
• Vice Patrón Primero: Anjo Feijoo Giralda
• Vice Patrón Segundo: José Miguel Sotelo Ulbeira
• Secretario: José Ramón Acuña Abalde
• Cabildo: Roberto Cabral Barra, Anjo Feijoo Giralda, José Miguel Sotelo Ulbeira, Agustin Alonso Otero, Sergio Fernández Durán, José Ramón Acuña Abalde, Lucía Costas González, Miguel Verea López de Guereñu, Josefa Rodríguez García Pérez Fernández.