Son órganos rectores de la Cofradía: la Junta General, el Cabildo y el Patrón Mayor.

La Junta General es el órgano superior de gobierno y decisión de la Cofradía, en la que están representados todos los profesionales del sector afiliados. Actúa como órgano de control y fiscalización de los restantes órganos rectores de la Cofradía.

El Cabildo es el órgano de gobierno, gestión y administración de la Cofradía. Está formado por el Patrón Mayor, el Secretario y los vocales, de los cuales dos serán obligatoriamente los vicepatrones 1º y 2º.

El Patrón Mayor es el representante de la Cofradía. Preside la Junta General y el Cabildo. Será elegido por la Junta General de entre sus miembros.

Las elecciones para la constitución o renovación de los órganos de la Cofradía de Pescadores La Anunciada de Baiona se realizan cada cuatro años y se rigen por lo establecido en el DECRETO 8/2014, de 16 de enero, por el que se regulan las cofradías de pescadores de Galicia y sus federaciones, así como por los Estatutos de la propia Cofradía.

Las últimas elecciones se realizaron en 2018, resultando elegida la siguiente directiva:

• Patrona Mayor: Susana González Álvarez
• Vice Patrón Primero: Agustin Alonso Otero
• Vice Patrón Segundo: Victor Carrera Martínez
• Secretaria: Isabel González Álvarez
• Cabildo: Susana González Álvarez, Agustin Alonso Otero, Victor Carrera Martínez, Isabel González Álvarez, José Jacinto Garbín Álvarez, Camilo Soliño Fernández, Manuel Muñiz Chamorro, José Manuel González Juste, José Miguel Sotelo Ulbeira.