Son órganos reitores da Confraría: a Xunta Xeral, o Cabildo e o Patrón Maior.

A Xunta Xeral é o órgano superior de goberno e decisión da Confraría, na que están representados todos os profesionais do sector afiliados. Actúa como órgano de control e fiscalización dos restantes órganos reitores da Confraría.

O Cabildo é o órgano de goberno, xestión e administración da Confraría. Está formado polo Patrón Maior, o Secretario e os vogais, dos cales dous serán obrigatoriamente os vicepatrones 1º e 2º.

O Patrón Maior é o representante da Confraría. Preside a Xunta Xeral e o Cabildo. Será elixido pola Xunta Xeral de entre os seus membros.

As eleccións para a constitución ou renovación dos órganos da Confraría de Pescadores de Ferrol realízanse cada catro anos e réxense polo establecido no DECRETO 8/2014, do 16 de xaneiro, polo que se regulan as confrarías de pescadores de Galicia e as súas federacións, así como polos Estatutos da propia Confraría.

As últimas eleccións realizáronse en 2018, resultando elixida a seguinte directiva:

• Patrona Mayor: Susana González Álvarez
• Vice Patrón Primero: Agustin Alonso Otero
• Vice Patrón Segundo: Victor Carrera Martínez
• Secretaria: Isabel González Álvarez
• Cabildo: Susana González Álvarez, Agustin Alonso Otero, Victor Carrera Martínez, Isabel González Álvarez, José Jacinto Garbín Álvarez, Camilo Soliño Fernández, Manuel Muñiz Chamorro, José Manuel González Juste, José Miguel Sotelo Ulbeira.